医院设有呼吸消化内科、神经内科、肾脏病科、内分泌科、心血管内科、心胸中心、骨科、普通外科、神经外科、泌尿外科、肛肠外科、综合外科、整形美容科、妇产科、儿科、耳鼻咽喉科、眼科、口腔科、感染科、肝病消化科、肿瘤科、中医风湿科、重症医学科、急诊科、麻醉科、检验科、药剂科、输血科、营养科、健康管理中心、老年医学科、特诊科、病理科、门诊部、医学影像科、PET-CT中心、伽马刀中心、射波刀治疗中心等临床科室和医技科室。
一、全军医学中心：全军脊柱外科治疗中心。
二、军区（省）专科专病中心：呼吸病诊治中心、老年病诊治中心、整形修复治疗中心、检验质量控制中心、内分泌代谢病诊治中心、优生优育技术指导中心、浙江省癌症中心胸部肿瘤研究指导中心。
三、浙江省重点学科：骨科、医学检验科。
四、杭州市重点学科：骨外科、整形外科、医学影像科。
一、优势病种：腰椎间盘突出症、腰椎管狭窄症、腰椎滑脱、胸椎管狭窄、颈椎病、退变性脊柱侧弯、脊柱后凸畸形、腰椎不稳症、骨质疏松性骨折、脊柱血管瘤、脊柱转移性肿瘤、骶骨囊肿、动脉瘤样骨囊肿、慢性支气管炎、肺气肿、肺心病、哮喘、肺炎、肺癌、气胸、胸腔积液、癫痫、神经系统变性病、周围神经病、重症肌无力、脊髓炎、颅内感染性疾病、尿毒症、肾功能不全、各类肾炎、肾病综合征、糖尿病肾病、尿路感染、颅脑肿瘤、颅底肿瘤、脊髓肿瘤、前列腺增生、前列腺炎、性功能障碍。
二、优势技术：颈椎病的前路减压内固定术、后路开门减压内固定术、后路椎弓根螺钉内固定术、颈椎间盘置换术、腰椎间盘突出症的开窗髓核摘除术、减压内固定术、胸椎管狭窄症的减压术、腰椎滑脱症复位内固定术、退变性脊柱侧弯的矫形内固定术、强直性脊柱炎驼背矫形术、头面部轮廓塑造、颅颌面整形外科技术、体表器官再造技术、自体脂肪移植技术、肉毒素和透明质酸类充填技术、伽玛刀治疗、射波刀治疗、经皮肾镜钬激光碎石/取石术、腹腔镜下泌尿系恶性肿瘤的根治性切除术、膀胱癌原位肠代膀胱术。
